Variant Delta : pourquoi une telle vitesse des contaminations
Jean-Michel Pawlotsky, professeur au CHU Henri-Mondor (AP-HP), explique que la vitesse de contaminations du variant Delta est liée à son origine indienne. En effet d’après lui, les variants se développent toujours dans les pays peuplés à forte contamination. (Interview dans le JDD, extrait)
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Comment le virus Delta est-il arrivé en Europe?
Delta est entré au Royaume-Uni par l’intermédiaire de voyageurs venus d’Inde –quelques cas ont été rapportés en France à la même période. Dans un premier temps, il s’est transmis au sein de la communauté indienne, qui connaît des conditions de vie plus propices à une transmission rapide que la moyenne de la population britannique : promiscuité, logements exigus, difficultés économiques. Et puis le virus s’est diffusé à tout le Royaume-Uni, avant d’arriver chez nous.
Pourquoi domine-t-il désormais en France et en Europe?
Deux facteurs principaux expliquent cela. D’abord, ses propriétés intrinsèques : il est 60% plus transmissible que le variant alpha, lui-même 50% plus contagieux que la souche originelle. Il a gagné la course parce qu’il fait mieux que les autres : tous les variants à succès ont des avantages compétitifs. Deuxièmement, il a trouvé un terreau épidémiologique favorable chez nous au début de l’été, à un moment où ses concurrents, et notamment le variant Alpha, refluaient. Il est toujours plus facile pour un virus de pénétrer une population lorsque la vague précédente se termine.
Ses mutations expliquent-elles son avantage compétitif?
Le variant Delta a au moins 13 mutations par rapport à la souche de Wuhan, mais parfois il peut en porter 15 ou 17. Parmi les mutations localisées sur la protéine spike, la clé qui permet au virus Sars-CoV-2 de pénétrer dans les cellules, deux semblent avoir un impact particulier. La première, la L452R, était déjà présente sur le variant Henri-Mondor, que nous avons identifié au CHU de Créteil. La deuxième, dite P681R, semble augmenter la capacité du virus à infecter les cellules. C’est probablement l’association de ces deux mutations qui lui donne un avantage compétitif. Lorsqu’une plus grande quantité de virus est produite, il y a plus de particules infectées dans les postillons ou l’air alentour et l’entourage des sujets infectés a plus de risques d’être contaminé. Pour le variant Delta, on évalue le taux de reproduction R0, c’est à-dire le nombre de personnes infectées par un cas positif en l’absence de toute mesure barrière ou de distanciation sociale, à 6 environ, ce qui est équivalent à celui de la varicelle. Au début de l’épidémie en 2020, on l’estimait pour le variant originel à environ 2,5.
Quelle est la place de Delta par rapport aux autres souches?
Delta est désormais majoritaire à 80 %-90 %. Il est probable que la situation reste à peu près inchangée durant les prochaines semaines. Dans ce contexte, l’intérêt n’est pas de savoir s’il va représenter bientôt 95% des prélèvements analysés mais d’observer une éventuelle inflexion, comme l’émergence d’une souche nouvelle ou la progression d’un autre variant connu car ça pourrait influer sur l’évolution de la situation épidémique. En revanche, savoir qu’un individu est infecté par Delta ou un autre n’a aucun intérêt en matière de soins. Le malade sera traité exactement de la même manière quel que soit le variant à l’origine de sa maladie.
Le recul actuel du respect des gestes barrière vous inquiète-t il, vu la contagiosité accrue de Delta?
En pleine poussée épidémique de ce variant très contagieux, le port du masque et les gestes barrière restent des éléments essentiels de la prévention de la transmission, en plus de la vaccination qui, à ce jour, n’a touché qu’un peu plus de la moitié de la population française. Les personnes vaccinées sont bien protégées contre les formes sévères de la maladie, mais certaines d’entre elles peuvent être infectées, présenter une forme bénigne de la maladie et transmettre l’infection pendant une courte durée.
Faut-il s’inquiéter du fait que les vaccins soient un bouclier imparfait contre la transmission de Delta, comme viennent de l’assurer les autorités américaines?
Une personne vaccinée qui attrape le virus fera en général une forme très peu symptomatique et très courte, avec beaucoup moins de chances de transmettre la maladie qu’une personne malade non vaccinée. Le nombre de personnes vaccinées susceptibles de développer une forme sévère de la maladie est très réduit, car les vaccins sont efficaces à 90-95 %. Il s’agit essentiellement de personnes très âgées ou dont le système immunitaire est déficient. C’est pour elles qu’on réfléchit à une troisième dose de rappel. Certes, nous ne disposons pas encore de toutes les données démontrant qu’un rappel est indispensable, mais le principe de précaution suggère qu’il faudra le faire à la rentrée pour booster leur réponse immunitaire.
Delta est-il plus dangereux que les souches précédentes?
Il n’existe aujourd’hui aucun argument permettant de penser que le Covid-19 est plus ou moins sévère avec tel ou tel variant, y compris Delta. Les résultats des études peuvent être biaisés par les caractéristiques épidémiologiques des différentes poussées, qui ne touchent pas toujours les mêmes publics et ont des temporalités différentes. L’extension de la vaccination va également considérablement modifier la présentation de la maladie.
Jean-François Delfraissy avait parlé d’une « épidémie dans l’épidémie » au sujet du variant Alpha. Pourrait-on dire la même chose du Delta?
Non, il ne s’agissait pas pour le variant Alpha – et il ne s’agit pas pour le Delta – d’une nouvelle épidémie, mais de l’évolution naturelle de l’épidémie d’origine. L’expression nourrit à tort un certain catastrophisme. Le rebond actuel dû au variant Delta s’inscrit dans la série des vagues successives du phénomène pandémique. Tout n’est pas noir : nous sommes en train de passer d’une première phase pandémique, au cours de laquelle le virus s’est répandu très rapidement à la surface de la Terre, à une phase endémique, qui sera vraisemblablement caractérisée par des poussées régulières. Les régions les plus vaccinées seront moins touchées que les autres. Nous allons vivre avec ce virus comme nous vivons depuis des siècles avec les autres virus respiratoires.
Nous, profanes en biologie, nous nous ferions peur pour rien en nous focalisant sur les variants?
Tous les virus respiratoires mutent, mais on ne les avait jamais regardés d’aussi près ! Les outils pour le faire n’existaient pas. Aujourd’hui, grâce à la crise sanitaire, le radar du séquençage génétique pour suivre l’évolution des épidémies s’est étoffé. Les techniques, elles, avaient heureusement fait un bond spectaculaire ces dernières années. Les mutations, on s’y intéressait seulement pour des maladies chroniques comme le VIH ou l’hépatite C car elles rendent les virus résistants aux traitements antiviraux, mais pas pour des infections aiguës de ce genre. Peut-être que ce travail sur le Covid-19 permettra de changer notre regard sur d’autres infections virales respiratoires. Par exemple, chaque année, entre 5. 000 et 15 .000 personnes meurent dans une certaine indifférence des complications de la grippe.
Un variant encore plus contagieux pourrait-il émerger?
Oui, bien sûr. L’évolution naturelle des virus se fait vers une plus grande efficacité de propagation, en particulier quand l’immunité collective se renforce. Le virus lutte pour sa survie et pour continuer à se transmettre le plus efficacement possible. En général, cette meilleure efficacité de propagation s’accompagne d’une atténuation progressive au fil des années des symptômes de la maladie. C’est ce qui s’est sans doute passé pour d’autres infections respiratoires présentes depuis des siècles et aujourd’hui à l’origine de maladies bénignes chez l’homme.
ce qui se pratique déjà). Par contre , il y aura sans doute maintient