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Santé et vivant: « Evolution, écologie et pandémies « 

 Santé et vivant: « Evolution, écologie et pandémies « 

 

Le biologiste Samuel Alizon déploie ses talents de pédagogue dans son  livre pour mettre en lumière l’apport de l’évolution des populations, des hôtes comme des virus ou bactéries, dans la compréhension des épidémies.

 

Analyse du Monde (extrait)

 

Le Seuil a eu la bonne idée de ressortir en poche un livre paru en 2016, précieux en ces temps de pandémie. La parution s’accompagne d’un nouveau chapitre et surtout d’une postface incisive où l’auteur, Samuel Alizon, biologiste très impliqué dans l’analyse des génomes viraux et la modélisation de l’épidémie, livre ses pensées à chaud sur la crise en cours. Il y est notamment question des faiblesses françaises de la politique sanitaire, qui privilégierait le soin plutôt que la prévention, et de la politique de recherche, qualifiée d’« utilitariste ». A l’appui de ces critiques, l’auteur rappelle que le Covid-19 est arrivé alors qu’il y avait des protestations des personnels à l’hôpital et des manifestations de chercheurs opposés à une loi de programmation budgétaire.

Surtout, il déploie dans le cœur du livre ses talents de pédagogue sur le fonctionnement des parasites avec une approche très darwinienne, qui revendique la prise en compte de l’évolution des populations, des hôtes comme des virus ou bactéries. Le biologiste commence par rappeler les trois concepts-clé de l’évolution – la variabilité, l’héritabilité et la sélectivité –, pour expliquer les mécanismes des épidémies, l’apparition de résistance, l’origine des pandémies, leur modélisation… On saute de bactéries en virus, du sida à Ebola en passant par le cancer, la drépanocytose ou la myxomatose.

Faire dialoguer les biologies

Le premier chapitre justifie ce regard particulier car le spécialiste considère que la médecine actuelle est assez hémiplégique, tournée vers les mécanismes de biologie moléculaire individuels plutôt que vers l’étude des effets de l’évolution sur les populations. Ce serait la victoire de Pasteur sur Darwin. Mais pour l’auteur il est urgent de faire dialoguer ces deux biologies.

Les chapitres suivants apportent des preuves nombreuses de l’apport de l’évolution dans la compréhension des épidémies. Les surprises et les conclusions contre-intuitives n’y sont pas rares. Beaucoup de questions restent sans réponse, dont la principale, « pourquoi les parasites nous tuent-ils ? ». Ou plongent dans la perplexité : « Les mâles sont-ils les parasites des femelles ? »

Le chapitre sur les traitements, alors que la campagne de vaccination contre le Covid-19 débute lentement en France, souligne la complexité du sujet. La phagothérapie, les peptides antimicrobiens, les moustiques transgéniques ont des avantages et des inconvénients. Sur les vaccins, qui font pression sur l’environnement du virus, le biologiste prévoit que de futures souches plus virulentes émergent – le variant britannique est, lui, plus contagieux –, au risque de menacer les personnes non vaccinées.

« Evolution, écologie et pandémies »

« Evolution, écologie et pandémies »

 

Le biologiste Samuel Alizon déploie ses talents de pédagogue dans son  livre pour mettre en lumière l’apport de l’évolution des populations, des hôtes comme des virus ou bactéries, dans la compréhension des épidémies.

 

Analyse du Monde (extrait)

 

Le Seuil a eu la bonne idée de ressortir en poche un livre paru en 2016, précieux en ces temps de pandémie. La parution s’accompagne d’un nouveau chapitre et surtout d’une postface incisive où l’auteur, Samuel Alizon, biologiste très impliqué dans l’analyse des génomes viraux et la modélisation de l’épidémie, livre ses pensées à chaud sur la crise en cours. Il y est notamment question des faiblesses françaises de la politique sanitaire, qui privilégierait le soin plutôt que la prévention, et de la politique de recherche, qualifiée d’« utilitariste ». A l’appui de ces critiques, l’auteur rappelle que le Covid-19 est arrivé alors qu’il y avait des protestations des personnels à l’hôpital et des manifestations de chercheurs opposés à une loi de programmation budgétaire.

Surtout, il déploie dans le cœur du livre ses talents de pédagogue sur le fonctionnement des parasites avec une approche très darwinienne, qui revendique la prise en compte de l’évolution des populations, des hôtes comme des virus ou bactéries. Le biologiste commence par rappeler les trois concepts-clé de l’évolution – la variabilité, l’héritabilité et la sélectivité –, pour expliquer les mécanismes des épidémies, l’apparition de résistance, l’origine des pandémies, leur modélisation… On saute de bactéries en virus, du sida à Ebola en passant par le cancer, la drépanocytose ou la myxomatose.

Faire dialoguer les biologies

Le premier chapitre justifie ce regard particulier car le spécialiste considère que la médecine actuelle est assez hémiplégique, tournée vers les mécanismes de biologie moléculaire individuels plutôt que vers l’étude des effets de l’évolution sur les populations. Ce serait la victoire de Pasteur sur Darwin. Mais pour l’auteur il est urgent de faire dialoguer ces deux biologies.

Les chapitres suivants apportent des preuves nombreuses de l’apport de l’évolution dans la compréhension des épidémies. Les surprises et les conclusions contre-intuitives n’y sont pas rares. Beaucoup de questions restent sans réponse, dont la principale, « pourquoi les parasites nous tuent-ils ? ». Ou plongent dans la perplexité : « Les mâles sont-ils les parasites des femelles ? »

Le chapitre sur les traitements, alors que la campagne de vaccination contre le Covid-19 débute lentement en France, souligne la complexité du sujet. La phagothérapie, les peptides antimicrobiens, les moustiques transgéniques ont des avantages et des inconvénients. Sur les vaccins, qui font pression sur l’environnement du virus, le biologiste prévoit que de futures souches plus virulentes émergent – le variant britannique est, lui, plus contagieux –, au risque de menacer les personnes non vaccinées.

« S’attendre à d’autres pandémies » (OMS)

« S’attendre à d’autres pandémies » (OMS)

 

 

«L’histoire nous dit que ce ne sera pas la dernière pandémie et les épidémies sont une réalité de la vie», a déclaré Ghebreyesus le directeur général de l’OMS.. «La pandémie a mis en évidence les liens intimes entre la santé des humains, des animaux et de la planète», a-t-il ajouté.

 

Le directeur général de l’OMS a déclaré qu’il était temps de tirer les leçons de la pandémie de Covid-19. «Pendant trop longtemps, le monde a fonctionné selon un cycle de panique et de négligences», a-t-il déclaré. «Nous jetons de l’argent sur une épidémie et quand elle est terminée, nous l’oublions et ne faisons rien pour empêcher la suivante».

 

Un appel aussi au renforcement des moyens pour la prévention sanitaire dont les investissements sont encore très insuffisants.

Croissance des pandémies possibles d’après l’ONU

 

De plus en plus de pandémies et demeure sont à prévoir d’après l’ONU.

22 scientifiques mandatés par l’ONU( l’IPBES), ont passé en revue des centaines d’études récentes sur les liens entre l’Homme et la nature, notamment sur les conséquences de la destruction de la nature par les activités humaines.

Selon des estimations publiées dans la revue Science en 2018 et reprises dans le rapport, il existerait 1,7 million de virus inconnus chez les mammifères et les oiseaux, dont entre 540.000 et 850.000 d’entre eux « auraient la capacité d’infecter les humains ».

 

Mais les risques de contamination des êtres humains par ces virus dont on ne sait rien sont multipliés par les contacts de plus en plus serrés entre les animaux sauvages, les animaux d’élevage et la population humaine. D’ailleurs, 70% des nouvelles maladies (Ebola, Zika) et « presque toutes les pandémies connues » (grippe, sida, Covid-19) sont des zoonoses, c’est-à-dire qu’elles viennent de pathogènes animaux.

Les experts plaident pour la réduction de l’empreinte humaine sur la nature: réduire la déforestation et la destruction des habitats, réduire le commerce d’espèces sauvages, réinventer le modèle agricole et économique en général pour réduire les activités connues pour leur impact environnemental négatif (production d’huile de palme, bois exotiques, infrastructures de transport, élevage pour la viande…).

Ces recommandations recoupent celles largement prônées par les spécialistes en matière de lutte contre le changement climatique, qui peinent à trouver un écho, de nombreux acteurs mettant en avant les coûts et l’acceptabilité de telles transformations. Mais comme en matière climatique où les spécialistes pointent du doigt les futurs coûts faramineux liés aux catastrophes qui vont se multiplier, les experts de l’IPBES assurent qu’investir aujourd’hui permettrait d’économiser sur les futurs impacts économiques des pandémies.

Face aux pandémies associer les experts santé aux autres scientifiques

Face aux pandémies associer les experts santé aux autres scientifiques

Dans une tribune au « Monde », un collectif de professionnels de la santé et de scientifiques prône le développement au niveau mondial d’une approche transdisciplinaire associant, selon le concept « One Health », la santé humaine, celle des élevages et des cultures et celle des écosystèmes.

Tribune. « Moi qui suis si peu médecin, si peu vétérinaire… », déclarait Louis Pasteur, le 12 février 1880, s’étonnant d’être à la fois membre de l’Académie nationale de médecine et désormais de la Société centrale de médecine vétérinaire, ancêtre de l’Académie vétérinaire de France, qui l’accueillait pour donner une communication. Mais « la science est une », ajoutait-il, et « c’est l’homme seulement qui en raison de la faiblesse de son intelligence, y établit des catégories ».

Outre celui de Louis Pasteur (1822-1895), la France est le pays de René Descartes (1596-1650), de Claude Bernard (1813-1878), fondateur de la médecine expérimentale, ainsi que de Claude Bourgelat (1712-1779), fondateur des premières écoles vétérinaires. Autant de personnalités qui, à leur façon, ont récusé les trop rigides cloisonnements du savoir et dont l’attitude devrait nous inspirer face à l’actuel défi sanitaire.

« Louis Pasteur, René Descartes, Claude Bernard, Claude Bourgelat. Autant de personnalités qui, à leur façon, ont récusé les trop rigides cloisonnements du savoir et dont l’attitude devrait nous inspirer face à l’actuel défi sanitaire » (Timbre paru en 2011 dessiné par Sophie Beaujard, gravé par Yves Beaujard et imprimé en taille-douce). DR/La Poste

Même si la situation sanitaire due au coronavirus n’est pas inédite au vu de la pandémie de 1969 (grippe de Hongkong, 40 000 décès en France, un million dans le monde), la pandémie actuelle démontre la nécessité de tirer des enseignements de cette crise pour construire une approche globale basée sur le concept « One Health » (« une seule santé ») associant santé humaine, santé des élevages et des cultures et santé des écosystèmes.

La pandémie de Covid-19 a remis au premier plan les liens étroits qui existent entre ces différentes santés et le continuum entre animaux et êtres humains. Plus de 75 % des agents pathogènes de l’homme sont issus des animaux. Les coronaviroses, répandues dans le règne animal, font partie de ces maladies des animaux transmissibles à l’homme (zoonoses). Pour les vétérinaires, les coronavirus sont des ennemis de tous les jours et leur expertise dans ce domaine et dans la fabrication de vaccins anticoronavirus aurait mérité d’être plus exploitée.

Certes, des vétérinaires et des écologues ont été présents dans des équipes de recherche de médecine humaine, une importante mobilisation de vétérinaires praticiens s’est traduite par la fourniture de matériels à des unités de réanimation et de consommables pour les hôpitaux et les établissements d’hébergement pour personnes âgées dépendantes (Ehpad), et l’autorisation a été finalement donnée aux industriels et laboratoires vétérinaires de produire des tests PCR et effectuer des analyses à grande échelle. Mais les sciences vétérinaires auraient dû être davantage sollicitées dans l’esprit du concept de santé globale multidisciplinaire.

 

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Se préparer à d’autres pandémies »

Se préparer à d’autres pandémies » : Rony Brauman, (ex-président de Médecins sans frontières),

L’inquiétude de Rony Brauman à propos des pandémies (interview France Info)

 

Comment avez-vous traversé cette crise sanitaire inédite ? Comment avez-vous vécu ce confinement ?

Rony Brauman : J’ai la chance d’être correctement logé, en proche banlieue parisienne. Sur le plan matériel, j’ai vécu cette épidémie d’une manière confortable, sans stress. Mais en tant que membre de Médecins sans Frontières, en tant que médecin et citoyen frappé par cette pandémie, j’ai été mobilisé en permanence par cette question. J’ai passé beaucoup de temps à répondre à des questions, à m’en poser, à suivre l’évolution constante de l’épidémie – une évolution qui n’est toujours pas terminée. De ce point de vue-là, cela a été une période très pressante, très intense.

Je l’ai également vécue dans l’inquiétude, une inquiétude qui ne s’est pas levée, liée aux répercussions non-médicales de cette épidémie. Dès que le confinement a été prononcé, nous avons vu que les conséquences économiques seraient très lourdes sur le travail des gens, sur leurs revenus et leur mobilité. Nous les constatons évidemment de façon très forte aujourd’hui. Avec le sort des gens qui étaient frappés, pour certains durement frappés, c’est cela qui en quelque sorte me réveillait la nuit. Cela me rendait très inquiet. Cette période était donc d’un côté confortable, et de l’autre très préoccupante.

Nous avons le sentiment, étant dans cette phase de déconfinement en France, que les choses vont mieux. L’Organisation mondiale de la santé (OMS) l’a même déclaré la semaine dernière : « La situation s’améliore en Europe ». Et pourtant, parallèlement, « l’épidémie s’aggrave dans le monde ». A quel moment de cette pandémie sommes-nous, selon vous ? Et quelle sera la suite ? 

Je manque de certitudes concernant l’épidémie, sa cinétique et les conditions de son évolution. Cela est lié aux constatations changeantes, aux vérités d’un moment qui, la semaine suivante, sont périmées. Nous avions l’impression d’un déclin global de l’épidémie il y a encore une semaine. Cette impression est aujourd’hui mise en question par des évolutions préoccupantes dans plusieurs pays africains, en Amérique latine, en Amérique du Nord et tout récemment en Asie, en particulier en Chine.

La question de savoir si cette épidémie est saisonnière, si elle va céder avec l’arrivée des beaux jours ; la question de savoir si la masse critique d’immunité collective va être atteinte, et donc permettre d’atteindre un niveau de protection complété par le vaccin… Tout cela reste très incertain.

 

Je vois une progression préoccupante en Afrique en particulier, du fait du voisinage de notre pays avec le continent africain. Cette progression est hétérogène, comme c’était le cas en Europe et comme c’est le cas partout dans le monde. Certains pays sont plus touchés que d’autres, et certaines régions sont plus touchées que d’autres dans un même pays. En Afrique, un quart des cas se situent en Afrique du Sud, et dix pays seulement concentrent l’immense majorité – 80% – des cas recensés. Que va-t-il en être ? Personne ne le sait. Les conditions démographiques et immunologiques, mais aussi les conditions de l’habitat, de l’âge moyen de la population, ou encore de la part de personnes âgées dans la population globale… Tout cela est différent en Afrique. L’accélération que l’on connaît actuellement ne débouchera pas forcément sur une situation épidémique globale. Pour l’instant, cela reste des chiffres, mais qui supposent une surveillance.

Un point important est que cette épidémie peut être jugulée. Plusieurs pays l’ont montré : la Nouvelle-Zélande, Taïwan, la Corée du Sud… Cette épidémie peut être jugulée dans sa phase précoce, quand les premiers cas commencent à se développer. On peut alors diagnostiquer cliniquement ou biologiquement ces cas, tracer des contacts, procéder à l’isolement et imposer – ou proposer plutôt – des mesures barrières, de distance physique et de protection individuelle. Nous ne sommes donc pas totalement démunis. Nous avons des moyens de diagnostic, de surveillance et une stratégie de réaction qui a montré une certaine efficacité, mais dans des circonstances particulières. Quand l’épidémie flambe, nous sommes alors réduits à une position défensive – soigner le mieux possible les malades les plus graves – et, grâce aux mesures de distanciation, espérer un déclin aussi rapide que possible de l’épidémie. Or, le soin aux malades n’est pas toujours possible. Dans de nombreux pays, les systèmes de santé sont insuffisants et le soin ne peut être garanti. Dans ces cas-là, nous pouvons nous attendre à une surmortalité relativement importante.

J’insiste sur le fait que nous savons peu de choses. Prenons l’exemple des porteurs asymptomatiques, vecteurs du virus sans être malades eux-mêmes. Nous avons découvert dans cette maladie l’importance du nombre de porteurs asymptomatiques. Ce n’était pas une révolution : de très nombreuses maladies virales, comme la polio ou la grippe, évoluent de cette manière. Ce qui est surprenant, c’est qu’à certains moments, les porteurs asymptomatiques sont des vecteurs importants puisqu’ils crachent du virus sans en être conscients. Ils peuvent donc contaminer leurs voisins, dans le métro ou chez eux. Et aujourd’hui, nous semblons au contraire reculer là-dessus. Les porteurs asymptomatiques ne seraient pas un danger particulier et ne diffuseraient pas le virus. Cela forge évidemment la façon dont on perçoit le risque global.

De la même manière, on pensait qu’il fallait que 60% de la population soit porteuse d’anticorps, que ce soit par la vaccination ou par la réaction spontanée au contact avec le virus. Aujourd’hui, ce pourcentage pourrait en réalité être beaucoup plus bas. C’est une bonne nouvelle : cela voudrait dire qu’on atteindrait un stade de protection collective plus rapidement. Là encore, les évolutions contradictoires du savoir sont très perturbantes, très déstabilisantes.

Beaucoup de gens résument leurs impressions [sur cette épidémie] en ces quelques mots : on n’y comprend rien.

« Le rôle de la viande dans les pandémies »

« Le rôle de la viande dans les pandémies »

Romain Espinosa,Chercheur en économie au CNRS, CREM, Nicolas Gaidet, Chercheur en écologie animale au Cirad, UPR Green Nicolas Treich, Toulouse School of Economics et Inrae

La lutte contre les zoonoses, ces maladies transmissibles entre humains et animaux, impose de combiner santé humaine et santé animale, soulignent, dans une tribune au « Monde », trois chercheurs en économie et en écologie animale.

Tribune.

 

« L’émergence rapide et brutale du Covid-19 devra nous conduire à redéfinir nos politiques de santé publique. Si l’heure est à soigner et réparer les dégâts causés par ce nouveau virus, il sera primordial à terme de diminuer les risques d’émergence de telles maladies et de chercher à prévenir plutôt que guérir.

Ces politiques de prévention devront tirer les leçons de l’apparition et de la gestion des épidémies récentes, à commencer par le Covid-19, mais également des grippes aviaires et porcines, qui sévissent très régulièrement. Ces actions devront s’appuyer sur un discours de vérité scientifique, détaché des intérêts économiques de court terme, et prendre en considération le rôle de la consommation de viande et de l’élevage intensif dans ces nouvelles épidémies.

Les zoonoses, ces maladies transmissibles entre humains et animaux, représentent à l’échelle mondiale 60 % des maladies infectieuses et sont responsables de 2,5 milliards de cas de maladie chez les humains tous les ans dans le monde. Trois quarts des nouveaux agents pathogènes détectés ces dernières décennies sont d’origine animale.

Le phénomène n’est pas nouveau : la grippe espagnole de 1918, une des maladies les plus meurtrières de l’histoire de l’humanité, trouvait déjà ses origines chez les oiseaux. D’autres maladies infectieuses bien connues, comme la variole, la rougeole, la coqueluche ou les oreillons, proviendraient probablement des animaux domestiques.

Parmi les grandes épidémies qui nous ont frappés depuis la fin du XXe siècle, plusieurs proviennent de l’exploitation d’animaux dans les élevages : la maladie de Creutzfeldt-Jakob liée à la consommation de viande bovine (« vache folle », 1986), le virus Nipah originellement transmis par les chauves-souris et démultiplié par les élevages de porcs (1998), les multiples épisodes de grippe d’origine aviaire (H5N1, 1997 et 2004 ; H7N9, 2016), ou encore la grippe d’origine porcine (H1N1, 2009). Plusieurs épidémies ont également pour origine probable la consommation d’animaux sauvages, à l’instar du Covid-19 (pangolin ou chauve-souris), Ebola (viande de brousse ou chauve-souris) et le sida (viande de singes).

Notre consommation élevée de produits d’origine animale joue également un rôle indirect dans l’émergence de zoonoses. En effet, l’alimentation carnée nécessite davantage de surfaces agricoles qu’une alimentation végétale, si bien qu’elle contribue à la déforestation et réduit ainsi la surface disponible pour les espèces sauvages. Par la chasse et la transformation des habitats naturels, les humains et leur cheptel viennent au contact des animaux sauvages et de leur cortège d’agents pathogènes.

 

 




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